SPF级动物实验室是生命与医学科学研究中公认的标准实验动物，生物医学等领域的发展和进步依赖于高质量的实验动物，而科学的管理和运行SPF级动物实验室则是提供该级别实验动物的前提条件。按照《中华人民共和国实验动物管理条例》的要求，管理和运行SPF级动物实验室，必须采取一系列的管理措施。
1.实行严格有效的科学管理
SPF级动物实验室从规划设计、建筑构造、装备设施、投入使用到监测管理，均是在专家组的指导下完成。坚持每年在《实验动物使用许可证》到期时，主动向上级申请进行年度检测和指导，以查明存在的问题和隐患，及时整改；每3个月对实验室的设备和内外环境进行检测。在强化硬件建设和管理的同时，还制定了一系列的规章制度，全方位保证SPF级动物实验室的有效运行。
2.制定SPF级动物实验室的规章制度和管理措施
为保证SPF级动物实验室在符合要求的状况下正常运作，参照有关国家标准，从实际情况出发，制定了一系列科学有效的规章制度和管理措施，以规范日常的每一项工作。制定的规章制度和管理措施有：“出入SPF级动物实验室须知和管理规程”、“SPF级动物实验室的内外环境灭菌消毒与卫生清洁管理规范”、“SPF级动物实验室动物的饲养管理规范”、“SPF级动物实验室的记录管理规范”、“SPF级动物实验室动物尸体及其他实验废弃物处理规范”等。
3.严格规定实验室人员、动物、物品的移动路向
进出SPF级动物实验室的人员、动物、物品严格遵循单向顺时针移动的原则。
（1）人员移动路向。外环境→一更→淋浴（如有）→二更→气闸→清洁走道→实验室→污物走道→缓冲间→清洗消毒间→外环境。
（2）动物移动路向。SPF级实验动物→隔离观察室→清洁走道→实验室→污物走道→缓冲间→清洗消毒间→外环境。
（3）物品移动路向。外环境→清洗消毒间→高压灭菌器/渡槽/传递窗→洁物存放室→实验室→污物走道→缓冲间→清洗消毒间→外环境。
4.选择合理的消毒灭菌方法
进入SPF级动物实验室的各种物品的特性不同，因此消毒灭菌的方法也有差异。垫料、饲养笼具、工作服和实验器械等采用高压蒸汽灭菌；动物饲料采用紫外灯照射30～60min灭菌消毒；使用的帽子、口罩、手套和鞋套等均采用一次性产品，使用前统一采用紫外线30min照射灭菌消毒；拖鞋等采用渡槽浸泡的方法（0.3%84消毒液，浸泡时间为30min）消毒；不耐高温和强酸碱等的物品采用紫外线照射灭菌。
5.认真开展各项指标的检测工作
定期对ZY空调通风和换气系统进行维护保养；每周清洗排风口过滤网膜，每3个月全部更换；初效、中效和GX过滤器每3个月更换一次；每日监测和记录空调机箱运行状态、压力差值和温度、湿度等信息；每3个月检测一次动物用水的生态指标。
6.严格做好室内外环境和设施的清洁消毒
高洁净度是SPF级动物实验室正常运行的关键。每日工作结束后，需用0．3%84消毒稀释液对整个实验室的内环境、手术器械和饲养笼具等进行消毒，同时保证室外环境的洁净度。
7.做好日常登记工作
制定有“SPF级动物实验室动物使用及出入记录本”、“SPF级动物实验室人员出入记录本”、“SPF级动物实验室物品出入记录本”、“SPF级动物实验室温湿度记录本”、“SPF级动物实验室压差记录本”、“SPF级动物实验室空调机箱运行记录本”“SPF级动物实验室清洁区消毒记录本”、“SPF级动物实验室设备使用记录本”，记好工作日志。建立实验动物电子档案，详细记录外购动物的检疫情况、合格证编号、品种、体重、数量、来源和用途等信息。
8.妥善处理动物尸体
动物实验结束后，根据不同的实验内容，将死亡动物尸体分类，统一放置在－20℃的冰柜内，有特殊要求的可放置在防腐溶液内，由具备相关资质的企业处理。
9.废弃化学物品和废水的处理
所有实验后的化学物品，包括过期物品，按照要求分类放在特定的回收装置内，由实验设施管理部门统一处理。废水必须二氧化氯发生器处理后，才可流入到外环境。
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